Das Scharlachrote Pustelpilzchen kann auch lebende (geschwächte) Bäume befallen. Der Pilz schädigt die Rinde und kann letztendlich zum Absterben des Baumes führen. Die Art kann mit dem Zinnoberroten Pustelpilz (Nectria cinnabarina) verwechselt werden, eine sichere Trennung ist nur mikroskopisch möglich.