Während die Mitrula paludosa Fruchtkörper über der Wasseroberfläche wachsen befindet sich die Stielbasis oft unter Wasser. Die Art ist in Niedersachsen vor allen in den Mittelgebirgen verbreitet, Vorkommen im Flachland sind selten. Der Sumpf-Haubenpilz wird in der Roten Liste (Niedersachsen) mit RL3 (gefährdet) bewertet.