Das Wechselblättrige Milzkraut blüht von März bis Mai, die Bestäubung übernehmen überwiegend Zweiflügler und Käfer. Die Pflanze bildet Kapselfrüchte aus die durch den Regen ausgewaschen werden. Zudem werden Ausläufer ausgebildet sodass meist lockere großflächige Bestände entstehen.