Der Arbeitskreis Heimische Orchideen (AHO) hat die Fliegen-Ragwurz zur Orchidee des Jahres 2003 gewählt. In der Roten Liste (Niedersachsen) wird die Art im Berg- und Hügelland mit RL3 (gefährdet) bewertet, im Flachland sind keine Vorkommen bekannt.