Die Braune Knöpfchenflechte kann mit anderen Arten verwechselt werden
Die Braune Knöpfchenflechte (Baeomyces rufus) kann mit anderen Arten verwechselt werden. Die ähnliche Rosa Köpfchenflechte (Dibaeis baeomyces) hat ein eher weißliches Lager und rosa gefärbte Apothecien. Die ähnliche Art Baeomyces placophyllus ist sehr selten und hat gelappte Lager.