Die Braune Knöpfchenflechte (Baeomyces rufus) wächst in lichten Wäldern, an Wegrändern, in alten Steinbrüchen, auf Erde oder an Felsflächen. Die Art bildet krustenförmige Lager und bevorzugt einen sauren Untergrund. Unter günstigen Bedingungen bildet die Braune Knöpfchenflechte umfangreiche Bestände aus.