Als Heilpflanze ist der Gemeine Wirbeldost bereits seit der Antike bekannt. In der Naturheilkunde wird die Art bei Verdauungsproblemen verwendet, zu diesem Zweck wird die Pflanze meist als Tee zubereitet. In der Küche wird Clinopodium vulgare als Gewürz eingesetzt, die frischen Blätter können auch zu Salat verarbeitet werden.