In früheren Zeiten fand die Knoten-Braunwurz in der Naturheilkunde eine Verwendung und wurde bei Hautkrankheiten, Lymphdrüsenschwellungen, Halsgeschwüren oder bei Verstopfung eingesetzt. Heutzutage wird Scrophularia nodosa nur noch selten als Heilpflanze genutzt.