In der Naturheilkunde wurde der Hirschzungenfarn in früheren Zeiten als Wundmittel oder bei Milzkrankheiten verwendet. Durch den Rückgang der Lebensräume gilt der Hirschzungenfarn als gefährdet. In der Roten Liste (Niedersachsen) wird die Art mit RL3 (gefährdet) bewertet.