Die Fruchtkörper vom Mäuseschwanz-Rübling findet man von September bis November in feuchten Nadel-Wäldern. Die Art lebt saprobiontisch und hilft bei der Zersetzung der Zapfen, übrig bleiben organische Stoffe die wieder in den Kreislauf der Natur eingehen. Der Pilz ist auch unter dem Namen Später Zapfen-Rübling bekannt.